Uppgröftur 1954-1958

Á árunum 1954 til 1958 fóru fram fyrstu skipulegu fornleifarannsóknirnar í Skálholti. Rannsóknarsvæðið var kirkjustæðið þar sem sóknarkirkjan hafði staðið og kirkjugarðurinn.  Við uppgröftinn fundust m.a. tveir kirkjugrunnar, grunnur Gíslakirkju, eða miðaldakirkjunnar sem hefur verið stærst þeirra kirkja sem í Skálholti hafa staðið, og grunnur Brynjólfskirkju, sem reist var á 17. öld.  Uppgröfturinn var gerður undir stjórn Kristjáns Eldjárns, en með honum unnu Håkon Christie, Gísli Gestsson og Jón Steffensen. Lýsing og niðurstöður uppgraftar eru að finna í bók sem er hluti af þriggja binda ritröð um Skálholt (Kristján Eldjárn o.fl. 1988.  Skálholt.  Fornleifarannsóknir 1954-1958.  Reykjavík) og í stuttri ritgerð (Kristján Eldjárn. 1975.  "Undirgangurinn í Skálholti."  Afmælisrit Björns Sigfússonar, bls. 168-188.  Reykjavík.).

Auk kirkjugrunna voru grafin upp göng á milli kirkju og bæjarstæðis. Aftur reyndist unnt að greina tvö mismunandi byggingarstig sem tengja mátti við kirkjugrunnana tvo.  Norðaustan við kirkjuna var rannsökuð lítil rúst sem gengur undir nafninu Þorláksbúð, en niðurstöður um hana hafa ekki verið birtar.  Meðal þess tilkomumesta sem upp var grafið og vafalaust margir muna eftir var steinkista Páls biskups Jónssonar sem lést árið 1211.  Kistan er tilhöggvin úr móbergi og vel varðveitt, utan þess að lokið er þríbrotið.  Í kistunni var, auk beina Páls, húnn af fagurlega útskornum bagli.

Uppgröftur 1983-1988

Á árunum 1983-1988 gerði Þjóðminjasafn Íslands minniháttar fornleifarannsóknir í Skálholti. Þeim stjórnaði Guðmundur Ólafsson og gróf hann könnunarskurði víða á bæjarstæðinu. Markmið rannsóknanna var að athuga hversu áreiðanlegur uppdráttur af staðnum frá 1784 væri. Einnig voru uppi áform um að endurgera veggi 18. aldar bæjarins, eða útlínur hans (Guðmundur Ólafsson. 2002.  Skálholt.  Rannsóknir á bæjarstæði 1983-1988.  Þjóðminjasafn Íslands). Þrátt fyrir að ekkert yrði úr þessum áformum, leiddu rannsóknir Þjóðminjasafnsins til að áhugi vaknaði á ný á að kynna hinn mikla menningararf sem í Skálholti er að finna.